Bygningen er strukturert i to etasjer og på fire forskjellige bygningsvolumer, avhengig av bruken. En tydelig gangsti leder inn til hovedinngang og overdekket uteareal, med uteaktivitetsarealer på hver side. Disse uteaktivitetsarealene er markert på planløsningen som arealer rundt båtene. Museets resepsjon og billettsalg er lokalisert sentralt i bygningen. Det er direkte adkomst til garderobe, publikumstoaletter, undervisningsarealer og stort auditorium fra den sentralt plasserte vestibylen. Utstillingsarealer (Våtmarksenteret og Fløtingsmuseet) er plassert i 2. etasje, og har en netto høyde på over 7 m. De store utstillingsrommene med høye tak kan innrettes fullstendig etter behov. Fire heiser og to trapper betjener funksjonell og lett adkomst til utstillingsarealene.

Museumsbutikk og restaurant er lokalisert i en selvstendig bygning med god utsikt mot Glomma. Restauranten har god kontakt med uteområdene på begge sider, adkomsten og elveområdet, og har mulighet for å åpne opp til et solfylt uteområde med utsikt mot elva. Administrasjonsområdet er plassert mot nordvest og i direkte forbindelse med undervisningsarealene. Administrasjonsarealene har en felles inngang for alle ansatte, er skjermet fra støyende virksomhet og har gode dagslysforhold. Driftsavdelingen er lokalisert i en selvstendig bygning, med direkte tilknytning til undervisningsarealene mot nord og elva mot sør. Bygningen ligger direkte til sin egen kjøreadkomst.